Farm di Calcolo
La farm di calcolo è composta da due macchine interattive, farm01.to.infn.it (64bit) e farm02.to.infn.it (32bit), ed una di batch, farm03.to.infn.it non direttamente accessibile agli utenti.
Login Interattivo
La macchine per il login interattivo sono ospitate su un HP ProLiant DL360 equipaggiato con due processori Intel(R) Xeon(R) Quad Core E5345 a 2.33GHz ed 8GB di ram. Entrambi i sistemi sono virtualizati su tecnologia Xen
Area Utenti
Per accedere al sistema gli utenti devono collegarsi tramite ssh rispettivamente su farm01.to.infn.it (sistema a 64bit) o su farm02.to.infn.it (sistema a 32bit) usando l'account delle macchine centrali.
Si ricorda che farm03.to.infn.it non è direttamente accessibile agli utenti.
E' a disposizione di tutti una area di scratch sotto /farmscratch. Questo spazio disco viene pulito ogni notte dai file più vecchi di 14 giorni.
Il Software a corredo della farm è installato nella directory /opt. Al fine di poter impostare correttamente le variabili di ambiente dei vari tools sono stati creati dei file di configurazione, elencati nella sezione Software Installato delle varie macchine, di cui fare il source nella directory /opt/profile.d:
prompt$ source </opt/profile.d/file_con_configurazione.sh> o prompt$ source </opt/profile.d/file_con_configurazione.csh>
Per gli utenti che necessitino di installare software specifici vi è a disposizione un ulteriore spazio disco sotto /exp. Facendone richiesta al Centro di Calcolo si verrà abilitati secondo all'utilizzo dell'area stessa.
Uso di Base del Sistema di Code
Di seguito riportiamo alcune note informative, per maggiori dettagli è possibile consultare la seguente documentazione.
Configurazione delle Code
Le code definite attualmente sono di due tipi short e long:
prompt$ qstat -q
server: farm01.to.infn.it
Queue Memory CPU Time Walltime Node Run Que Lm State
---------------- ------ -------- -------- ---- --- --- -- -----
default -- -- -- -- 0 0 10 E R
short -- 02:00:00 -- -- 0 0 10 E R
long -- 24:00:00 -- -- 0 0 10 E R
----- -----
0 0
Per maggiori dettagli riferirsi alla seguente pagina.
Esigenze particolari potranno essere valutate.
Sottomissione di un Job
Per la sottomissione dei job ci si deve collegare unicamente su farm01.to.infn.it.
La procedura base per la sottomissione di un JOB consiste in due passi:
- Creazione di un file di descrizione del JOB: myProgram.sh
- Esecuzione del comando qsub con argomento il nostro file di descrizione:
prompt$ qsub myProgram.sh
48.farm01.to.infn.it
L'output indica che il JOB è stato accettato e gli è stato assegnato l'identificatore 48.farm01
Verifica della Coda
Il comando per verificare lo stato dell'esecuzione è qstat. Un esempio di output è:
prompt$ qstat Job id Name User Time Use S Queue ------------------------- ---------------- --------------- -------- - ----- 48.farm01 myProgram.sh <user> 0 R short
Le colonne rappresentate hanno il seguente significato:
- Job id: l'identificatore del Job
- Name: il nome da noi assegnato al Job nel file di sottomissione myProgram.job
- User: l'utente che ha sottomesso il Job
- Time Use: Il tempo di esecuzione finora utilizzato
- S: lo stato del job: R=running (in esecuzione), Q=queued (in attesa)
- Queue: la coda scelta
Cancellazione di un Job
Il comando per cancellare un job dalla coda è:
prompt$ qdel JobId
dove JobId è quello visualizzato dal comando qstat.
Ambiente di Sistema
Ambiente farm01.to.infn.it (64bit)
Configurazione
Sistema Operativo | CentOS release 5.2 (Final) |
Core | 8 |
RAM | 3GB |
Software Installato
Software | Versione | source file |
---|---|---|
CLHEP - A Class Library for High Energy Physics | 2.0.4.0 | CLHEP.csh or CLHEP.sh |
CRYSTAL06 | 1.0.2 | cry2k6.bashrc or cry2k6.cshrc |
G95 - Fortran 95 compiler | 0.91 | g95.csh or g95.sh |
Geant4 | 4.9.1.p03 | geant.csh or geant.sh |
GNU Scientific Library | 1.10-10.el5 | - |
Intel(R) C++ Compiler for Linux | 10.1.018_intel64 | iccvars.csh or iccvars.sh |
Intel(R) Fortran Compiler for Linux | 10.1.018_intel64 | ifortvars.csh or ifortvars.sh |
Intel(R) Integrated Performance Primitives for Linux | 5.3.4.080 | ippvarsem64t.sh |
Intel(R) Math Kernel Library for Linux | 10.0.5.025 | mklvars64.csh or mklvars64.sh |
Intel(R) Threading Building Blocks for Linux | 2.1.012 | tbbvars.csh or tbbvars.sh |
MPICH | 1.2.7p1 | - |
Mpiexec | 0.83 | - |
R | 2.7.2 | R.csh or R.sh |
ROOT | 5.20.00 | root.csh or root.sh |
TORQUE | 2.3.3 | - |
Ambiente farm02.to.infn.it (32bit)
Configurazione
Sistema Operativo | CentOS release 4.7 (Final) |
Core | 8 |
RAM | 3GB |
Software Installato
Software | Versione | source file |
---|---|---|
CERN Advanced STORage manager | 2.1.7-17 | - |
CERN Program Library (CERNLIB) | 5.18.00 | - |
ROOT | 5.18.00 | root.csh or root.sh |
Ambiente farm03.to.infn.it (64bit)
Configurazione
Sistema Operativo | CentOS release 5.2 (Final) |
Core | 8 |
RAM | 7GB |
Software Installato
Software | Versione | source file |
---|---|---|
CLHEP - A Class Library for High Energy Physics | 2.0.4.0 | CLHEP.csh or CLHEP.sh |
CRYSTAL06 | 1.0.2 | cry2k6.bashrc or cry2k6.cshrc |
G95 - Fortran 95 compiler | 0.91 | g95.csh or g95.sh |
Geant4 | 4.9.1.p03 | geant.csh or geant.sh |
GNU Scientific Library | 1.10-10.el5 | - |
Intel(R) C++ Compiler for Linux | 10.1.018_intel64 | iccvars.csh or iccvars.sh |
Intel(R) Fortran Compiler for Linux | 10.1.018_intel64 | ifortvars.csh or ifortvars.sh |
Intel(R) Integrated Performance Primitives for Linux | 5.3.4.080 | ippvarsem64t.sh |
Intel(R) Math Kernel Library for Linux | 10.0.5.025 | mklvars64.csh or mklvars64.sh |
Intel(R) Threading Building Blocks for Linux | 2.1.012 | tbbvars.csh or tbbvars.sh |
MPICH | 1.2.7p1 | - |
Mpiexec | 0.83 | - |
R | 2.7.2 | R.csh or R.sh |
ROOT | 5.20.00 | root.csh or root.sh |
TORQUE | 2.3.3 | - |